Observo en algunas panorámicas, no todas, en la zona del nadir aunque esté bien resuelto el centro se ve como mas oscuro que el resto de la panorámica, me ocurre tanto con un 8mm (4 fotos) que con un 16 mm ( 6+1+1+1) cámara FF.
El problema no es la solución que en principio con aclarar un poco esa zona lo soluciono.
Lo que me gustaría comentar es el motivo por lo que ocurre esto.
saludos
Es muy fácil de entender, al menos con el 8, se trata de el viñeteado del ojo de pez, en el nadir estas aprovechando la zona mas periférica de la imagen, supongo que si no notas oscurecimiento en el zenit será por que disparas con algunos grados de inclinación hacia arriba.
Gracias @JaimeBrotons lo que quería saber era el motivo por lo que sucedía esto y con tu explicación me queda totalmente aclarado .
saludos
La respuesta es que en las tomas del nadir aparece parte del trípode y de la rótula, por lo general de color negro, y al coserla el PTGui le aplica un tratamiento de fusión oscureciendo la zona del nadir. Yo lo he solucionado cargando los raws, después de procesados, en photoshop y sustituyo la zona “negra” por un gris neutro o de una intensidad y tono similar al suelo contiguo. Al coser la toma en PTGui la zona de nadir no tiene ya esa zona parcialmente más oscurecida y queda perfecto. 
Saludos.
Para complementar la solución de @rotulagrafick, podrías simplemente enmascarar en PTGui la zona de trípode y con ello estarás mandando a la quinta porra el trípode. De tal manera que esa parte oscura ya no será obstáculo para que quede un nadir perfecto, si usas la técnica del View Point para retocar el nadir.
Voy a poner en practica estas soluciones.
saludos